Die Geschichte Bergens ist eng verknüpft mit dem 1562 gegründeten Eisenhüttenwerk Bergen, das seit 1824 Maxhütte hieß. Es zählte zu den größten Hüttenwerken Süddeutschlands und war bis zu seiner Schließung 1932 ein industrieller Mittelpunkt des Chiemgaus.
Bergen gehörte zum Rentamt Burghausen und zum Landgericht Marquartstein des Kurfürstentums Bayern. Im Zuge der Verwaltungsreformen in Bayern entstand mit dem Gemeindeedikt von 1818 die heutige Gemeinde. Seit der Gebietsreform 1978 bildet die Gemeinde Bergen eine Verwaltungsgemeinschaft mit Vachendorf.